Un regard vers l'extérieur (Conclusion)

[Charles Krebs - source]

En démarrant ce blog, je m'étais fixé comme objectif de résumer et présenter des techniques de prises de vues et de traitement d'image pour l'amateur en microscopie optique. Avec quelques exemples à l'appui, cela fut faisable dans un premier temps. Le fil rouge de chaque post était de montrer une image dans une taille et un format suffisamment intéressant pour le lecteur. Or, pour ne rien cacher, le traitement d'image et la prise de vue manuelle et répétitive sont gourmands en temps et en heures. Et il y a un peu de cela qui fait que le dernier post date d'un an, déjà.
Aussi, l'objectif, ici, est de vous donner quelques liens utiles vers plusieurs outils informatiques indispensables et de référencer les sites qui persévèrent dans le domaine (avec mes regrets pour ceux qui sont oubliés, ici)

1. La boite à Outils Logiciels

- Le logiciel de focus-stacking :

La profondeur de champ est un des problèmes de prise de vue sous microscope optique. Un logiciel permettant de superposer de multiples prises de vues est nécessaire pour reconsituer une image nette. Le logiciel utilisée ici pour les images est Combine Z. Il est gratuit et convient très bien pour débuter.

- Le logiciel de traitement d'image :

Indispensable lorsqu'il s'agit de regrouper la mozaïque de photos et d'ajuster la luminosité et le contraste d'une image par rapport à ses voisines. Mon choix se porte vers Gimp ou Photoshop.

- le site web hébergeant les images hautes définitions :

Malgré le haut débit, afficher une image de plusieurs Mo prend encore du temps et cela ne permet pas de saisir tous les détails sous un navigateur web. Plusieurs sites sur le web ont développé des applications permettant d'afficher toute ou partie de l'image avec un gain de temps indéniable : Zoomorama, Photosynth, Gigapan

2. De belles images et des passionnés

- Les passionnés de photomicrographie ont aussi leur concours : Nikon Small World

[1ère place au concours 2009 - source]

- Un blog assez actif dans le domaine de l'image Haute Dimenssion pour la photomicrographie : Nano GigaPan

[exposition NanoGigaPan - source]

- Microscopies : le site des microscopistes francophones

Enfin pour finir, un petit tour sur des sites de partage d'images : Flickr

En vous souhaitant bon voyage dans le monde de l'infiniment petit !

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Application : Observer des extraits végétaux et animaux

Le microscope optique reste un instrument d'observation privilégié du monde vivant. Selon les préparations, les objectifs utilisés et le système d'acquisition d'image, il permet d'observer des détails de l'ordre de 2 à 100 microns [1].
La manipulation de cet instrument scientifique - inscrit depuis longtemps aux programmes d'enseignement des collèges et lycées [2] - suscite encore et toujours l'intérêt des microscopistes amateurs. Le microscope permet évidemment l'observation au coeur des cellules du vivant. Avant d'en arriver à ce stade, il est possible d'approcher des détails de structure corporelle de l'ordre du demi-millimètre. Or pour une telle taille, l'échantillon à observer est généralement opaque. Un éclairage par illumination oblique est privilégié dans ce cas.
A cet effet, la première photomicrographie permet d'observer les détails d'un oeil de mouche :

[photo 1 : oeil de mouche]

Objet/Source : Mouche domestique (oeil)Objectif : 4xPrise de vue : Labtec Webcam 320x240Eclairage : LED Blanche Eclairage ObliquePréparation : aucune préparationPost-trait. : Mozaïque 123 images/ Superposition 797 imagesTaille : acquisition img. 2024*2192 pixels / 5496 KBytesDate : 12/09/2009

La photomicrographie suivante est (certainement) un extrait végétal non identifié :

[photo 2 : extrait non identifié]

 

Objet/Source :Extrait vegetal non identifié
Objectif : 4x
Prise de vue : Labtec Webcam 320x240
Eclairage : LED Blanche Eclairage Oblique
Préparation : aucune préparation
Post-trait. :Mozaïque 67 images/ Superposition 797 images
Taille :acquisition env. 3.05mmx1.53mm / img. 1890*2646 pixels / 2680 KBytes
Date :13/06/2009

Ces deux exemples n'ont pas fait l'objet d'une préparation particulière et ne masquent donc pas des défauts, tels que la présence de poussière ou un éclairage unique, difficiles à retoucher.
Malgré cela et le bruit du capteur de la webcam, les détails fins sont bien visibles.

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[1] source : le microscope optique - repères historiques
[2] Usage scolaire du microscope : des origines à 1950 - Pierre Savaton

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Quelques liens pour aller plus loin :

1. Un autre site amateur : observation d'une mouche au microscope
2. Site des élèves de cm2 : observation de bactéries au microscope